مسجدی بسیار زیبا در میدان نقش جهان روبروی عمارت شاهی عالی قاپو به چشم میخورد، که نامش مسجد شیخ لطف الله است . نام مسجد برگرفته از نام دانشمندی است که شاه به خاطر ارادت ویژه اش به او این نام را بر مسجد نهاده است . داستان شیخ به این شرح است: با تأسیس دولت صفوی، عثمانیها فشار و ارعاب بر شیعیان جنوب لبنان و شامات را افزایش دادند. شیخ لطف الله پدرش عبدالکریم و پدربزرگش شیخ ابراهیم از اندیشمندان علوم دینی لبنان به حساب میآمدند، ایشان با برخی از بزرگان جبل عامل که تحت فشار و سلطه عثمانی بودند برای کسب دانش بیشتر و زیارت مرقد امام هشتم علیه السلام راهی خراسان شدند.
شیخ لطف الله با حمله ازبکان به خراسان راهی قزوین شد و در آنجا به تدریس و امور علمی پرداخت تا اینکه با انتقال پایتخت از قزوین به اصفهان، به دعوت شاه عباس اول به اصفهان آمد و به امور علمی و معنوی پرداخت . نقل شده که برای دسترسی شاه به مسجد شیخ لطف الله راهی زیرزمینی تعبیه شده بود که ملاقات شاه با این عالم دانشمند را میسر می کرد. این راه را در میان کاخ عالی قاپو و مسجد قرار داشته و هنگام رسیدن به ورودی مسجد، شخص باید پیاده از طریق گذر پیچ در پیچ میگذشت تا نهایتا به ساختمان اصلی مسجد برسد .
در طول مسیر نگهبانان ایستاده بودند و محافظ زنان حرمسرا و رفت و آمدشان به داخل مسجد بودن .درهای ساختمان همیشه بسته نگه داشته می شدند، امروزه این درها به روی بازدیدکنندگان باز هستند و اما درهای راهروی زیرزمین بسته اند. این جا تنها مسجد در میان تمام مساجد اسلامی است که صحن و مناره ندارد، از آنجا که مسجد شیخ لطف الله عبادتگاهی برای درباریان و خانواده شاه بود، مناره ایی بر فراز آن احداث نشده تا عامه مردم به این مسجد نیایند. پروفسور پوپ، ایران شناس معروف، وقتی این مسجد را دید گفت: " به سختی می توان باور کرد که این بنا کار دست بشر است".